O Programa de Autodefensoria é um programa permanente da Instituição, que visa proporcionar às pessoas com deficiência a participação no exercício da cidadania, nas atividades que diretamente os envolve. O grupo é representado por um casal de autodefensores, titulares e suplentes, eleitos pelos próprios atendidos da APAE. O objetivo é representar o grupo do qual pertencem, defendendo ideias e interesses comuns. A escolha ocorre por meio de eleição realizada a cada três anos, juntamente com a Eleição da Diretoria Executiva e Conselhos de Administração e Fiscal da APAE.